È l’unica chiesa fiorentina esterna alle mura a non essere stata distrutta durante l’assedio del 1529. Il Battesimo del Verrocchio proviene da qui: vi si riconosce l’intervento di Leonardo nell’angelo di sinistra, nel paesaggio, nel Cristo e in altri dettagli. Nell’edificio di origine romanica si conserva il Cenacolo di Andrea del Sarto.
Monte Oliveto è il colle alle porte di Firenze, subito fuori San Frediano, dove nel 1472 fu ampliata e ristrutturata in forme rinascimentali la chiesa di San Bartolomeo con il relativo convento. Da qui, nel 1867, fu prelevata per essere trasportata agli Uffizi l’Annunciazione di Leonardo. Vi si conserva un’Ultima Cena del Sodoma, seguace di Leonardo.
Chiesa e convento si trovavano appena fuori le mura, nei pressi di Porta Romana: nel 1420 furono acquisiti dagli Agostiniani, il cui notaio sarà Ser Piero, padre di Leonardo. Per essi il Vinci iniziò, nel 1481, la grande tavola dell’Adorazione dei Magi: rimasta incompiuta, l’opera è oggi conservata nella Galleria degli Uffizi.
San Marco era uno dei centri principali della vita culturale e religiosa fiorentina, a cui Leonardo fa spesso riferimento. Di notevole importanza, se rapportato all’Ultima Cena di Leonardo a Milano, è l’analoga opera del Ghirlandaio qui conservata.
Come risulta evidente da diversi disegni e schizzi di Leonardo, il Duomo di Firenze e, in particolare, la Cupola del Brunelleschi furono fondamentali per la sua formazione, soprattutto riguardo ai principi dell’architettura religiosa e del funzionamento delle macchine da cantiere.
Nella nuova suggestiva Sala 35 delle Gallerie degli Uffizi, dedicata a Leonardo, sono conservate tre celebri opere: l'Annunciazione, il Battesimo e l'Adorazione dei Magi, ultima opera del suo primo periodo fiorentino. Nel Gabinetto Disegni e Stampe degli Uffizi sono conservati, visibili solo con speciali permessi o in occasione di eventi espositivi, diversi disegni e bozzetti autografi di Leonardo; altri disegni sono riconducibili sia alla scuola leonardesca fiorentina che alla cerchia milanese.
Scrive l’Anonimo Gaddiano che Leonardo "stette, da giovane, col Magnifico Lorenzo de’ Medici, et dandoli provisione, per sé il faceva lavorare nel giardino sulla piazza di San Marco di Firenze". Il "Giardino di Lorenzo" si affacciava su Piazza San Marco, all’angolo tra l’attuale via Cavour e via Arazzieri. Vasari ricorda qui presenti artisti vicini a Leonardo quali Rustici e Lorenzo di Credi, oltre a Baccio da Montelupo e Andrea Sansovino. Quando Carlo VIII entrò in Firenze nel 1494, coi Medici in fuga, il Giardino fu saccheggiato dal popolo inferocito.
In un promemoria del Codice Atlantico Leonardo si riferisce a Pier Francesco della famiglia Ginori, il cui palazzo si trova nella via omonima. Tra i Ginori si può ricordare Gabriello, podestà a Milano quando anche Leonardo era nella capitale del ducato sforzesco. Nel XVIII secolo i discendenti della famiglia fonderanno la celebre fabbrica di porcellane.
Ser Piero abitò fino al 1480 in Via delle Prestanze, ampliata nell’Ottocento dai lavori per Firenze capitale configurando l’attuale Via dei Gondi. L’edificio apparteneva all’Arte dei Mercatanti, che la vendette nel 1485 a Giuliano Gondi, già proprietario dell’abitazione confinante: abbattuto l’edificio, Giuliano da Sangallo costruì l’attuale Palazzo Gondi, dove un’iscrizione ricorda la presenza di Leonardo. È interessante notare come il Vinci citi nel Codice Atlantico (f. 1024v), fra gli altri amici, anche Giuliano.
Un itinerario originale è quello che si snoda lungo i Cenacoli quattrocenteschi della città, come quelli di Andrea del Castagno (ex convento di Sant'Apollonia), Perugino (ex convento di Sant'Onofrio, detto “di Fuligno”), Domenico Ghirlandaio (chiese di San Marco e Ognissanti) e Andrea del Sarto (chiesa di San Salvi).
Il corso dell’Arno è sempre stato oggetto di grande interesse da parte di Leonardo da Vinci che lo ha studiato e descritto in vari momenti. Oggi l’Arno presenta molte aree estremamente interessanti da un punto di vista storico, ambientale e naturalistico.
La terza parte dell’itinerario dell’Arno ripercorre le carte RL 12678 di Windsor, considerando anche la RL 12677, i fogli 148v, 149r, 273r e 275v del Codice Arundel e il 15A-15r del Codice Leicester. Leonardo calcola che dal "punto S" (la confluenza dei due rami dell’Arno presso Peretola) alla pescaia d’Ognissanti (in prossimità della "Sardigna") «son bracci 5000, cioè un miglio e 2/3» (circa 3.000 metri). Nei fogli del Codice Arundel, oltre a misurare il corso e gli argini dell’Arno e del Mugnone, Leonardo si interessa al sistema idraulico e alle caratteristiche di mulini e gualchiere sulla riva destra ("8 e 2 palmenti") e sulla riva sinistra ("2 palmenti"), e anche al rapporto tra le mura della città e il fiume.
Si entra in Firenze, iniziando il secondo percorso in base alla carta dei ponti nel Codice Arundel e alla pianta di Firenze RL 12681 di Windsor. Leonardo precisa (nel Ms. L) che la distanza «dal muro d’Arno della Giustizia all’argine d’Arno di Sardigna, dove sono i mori alle mulina è braccia 7400, cioè miglia 2 e braccia 1400 (sulla riva destra)» e «di là d’Arno è braccia 5500» (sulla riva sinistra), ma la differenza di 1900 braccia proposta da Leonardo (corrispondente a circa 1.107 metri) sembra mal accordarsi con l'effettiva distanza tra i punti indicati.
Il percorso è esemplificato sui dati ricavati dalla carta RL 12679 di Windsor, tenendo presenti anche la carta RL 12680, il Codice Leicester, il Codice Arundel e il Ms. L. Questa ideale passeggiata lungo le antiche rive dell'Arno può avere inizio dalla piana di Ripoli (da "ripe", cioè rive dell’Arno), attraversata in epoca romana dalla via Cassia, che nel XIX secolo sarà così decritta da Repetti: "Il piano, o piuttosto il giardino, più delizioso, più fruttifero, più fiorito, più popolato di ville, di palazzi, di chiese, di abitazioni, fra quanti formano ghirlanda alla bella Firenze".
Nel foglio 17r del Codice Madrid II, Leonardo disegna un paesaggio dei colli fiorentini nei dintorni di Villamagna. In particolare indica la sommità di un colle con la denominazione "L’Incontro". Qui, in posizione panoramica su Firenze e il Valdarno (a 559 metri slm), sorge dal XVIII secolo un convento francescano.
Non ancora ventenne, Leonardo collaborò col suo maestro Verrocchio per la realizzazione della sfera di rame, collocata sulla Cupola del Duomo di Firenze il 27 maggio del 1471, come riferisce Luca Landucci nel suo Diario Fiorentino. Il Vinci ricorderà quelle saldature ancora intorno al 1515.
Ser Piero ebbe diverse abitazioni a Firenze: è possibile seguirne l’itinerario nel cuore del centro storico, partendo dalla prima casa in cui è documentata la sua presenza, in Borgo dei Greci, per arrivare all’ultima, in via Ghibellina, dove morì.
Le colline poste a meridione dell’Arno si ritrovano in un foglio del Codice Madrid II, nel quale Leonardo ne disegnò, diremmo oggi, lo skyline: vi è rappresentato ad esempio il colle di Monte Oliveto, su cui sorge ancora oggi la chiesa di San Bartolomeo a Monte Oliveto (che era parte di un ex complesso monastico situato di fianco all’attuale parco di Villa Strozzi); tuttora esistente è pure la torre di Bellosguardo, ben rinoscibile nel disegno, così come la chiesa di Santa Margherita a Montici.