Pisa è uno dei principali centri artistici e culturali della Toscana, e anche per Leonardo fu un grande polo d’interesse: tanto suo padre quanto suo fratello Lorenzo lavorarono per anni in questa città, mentre suo nipote, lo scultore Pierino, addirittura vi morì dopo avervi lavorato a importanti committenze pubbliche. Il territorio pisano fu studiato a lungo dal Vinci, soprattutto in relazione al celebre progetto di deviazione dell’Arno, con cui Firenze intendeva vincere le resistenze di Pisa privandola dell’acqua.
Nel Codice di Madrid II, ai fogli 52v-53r, che costituiscono lo studio più ravvicinato dei dintorni di Pisa, Leonardo offre notizie importanti sull’assetto idrografico del territorio prima degli interventi granducali. Leonardo si interessò del territorio pisano soprattutto nel periodo intorno al 1503-1504, in relazione al progetto di deviazione dell’Arno verso lo Stagno di Livorno, la cui realizzazione fu iniziata il 22 agosto 1504 e si concluse con un fallimento nell’autunno seguente.