Altopascio
Altopascio era un centro di fondamentale importanza per le vie di comunicazione medievali e anche per la bonifica delle aree paludose. Dall'XI secolo fu sede dei Cavalieri Ospitalieri del Tau, con l'opedale dei Pellegrini, la magione e i magazzini di granaglia, la chiesa di San Jacopo, la torre campanaria e le mura che ancora oggi si distinguono in lontananza. I Cavalieri del Tau si diffusero sulle strade e nelle principali città di Francia, Germania, Spagna e nelle Fiandre. Leonardo raffigura la torre e il castello di Altopascio nella carta RL 12685 di Windsor e lo indica nel f. 23r del Codice di Madrid II.
Barga
Centro storico-artistico della Garfagnana, Barga interessava Leonardo - che la raffigura nella carta RL 12685 di Windsor - come punto di riferimento settentrionale nella Valle del Serchio. Conserva le mura e le tre porte, il duomo con il pulpito dei Comacini, palazzi rinascimentali e diverse terrecotte robbiane.
Lucca
La città, fra i centri di maggiore interesse storico artistico della Toscana, è raffigurata nelle carte di Windsor 12683 e 12685, e segnalata nel Codice Atlantico (ff. 127 r e 305r). Leonardo la menziona già attorno al 1487 nel foglio 64r del Ms. B, nel quale disegna alcuni schemi di paratie destinate, secondo un progetto di Brunelleschi, ad allagare la città. Anche se mancano documenti certi, è assai probabile che Leonardo si sia recato a Lucca, dove avrebbe avuto modo di visitare celebri edifici come il Duomo. Qui si conservavano capolavori d'arte come la tomba di Ilaria del Carretto di Jacopo della Quercia oltre a magistrali opere di contemporanei quali il Tempietto di Matteo Civitali e la pala d'altare di Domenico Ghirlandaio. Non è forse un caso che a Lucca e nei dintorni si segnalino, in epoca successiva, numerose opere di seguaci leonardeschi i cui soggetti spaziano dai Cenacoli alla Maddalena.
Montecarlo
Castello di riferimento tra il Padule di Fucecchio e quello di Bientina. Il nome deriva dall'imperatore Carlo di Boemia (Mons Karoli). Nel 1437 Francesco Sforza lo consegnò a Cosimo de' Medici il Vecchio. Leonardo raffigura Montecarlo nella carta RL 12685 di Windsor e nel f. 22v del Codice di Madrid II.
San Gennaro
Leonardo raffigura il castello di San Gennaro nella carta RL 12685 di Windsor e lo indica nel Codice di Madrid II (f. 23r). La località, in comune di Capannori, è caratterizzata dalla pieve romanica che conserva un "Angelo" in terracotta, un tempo policroma, recentemente attribuito da Carlo Pedretti allo stesso Leonardo.
Villa Basilica
Villa Basilica è un centro storico caratterizzato in antico da una villa romana e una basilica. Ubicata in un'area compresa tra la Lucchesia e la Val di Nievole, fu oggetto di incursioni da parte dei pisani e dei fiorentini che la misero spesso a ferro e fuoco. Fu luogo di produzione di armi; nella pieve romanica di Santa Maria Assunta è notevole fra l'altro un "Crocifisso" di Berlinghiero. Studiata da Leonardo al termine del percorso che iniziava nel territorio di Prato, è menzionata nelle carte di Windsor RL 12279 e RL 12685 e nel f. 23r del Codice di Madrid II.