Arno
Leonardo delinea l'intero corso dell'Arno in due carte: RL 12277 di Windsor, con l'indicazione e la denominazione dei principali affluenti; e Codice Atlantico, f. 910r, senza denominazioni idrografiche e con solo 12 toponimi del Casentino.
Si tratta di cartografie notevoli per l'esattezza e per il segno estetico: in esse Leonardo rielabora il tracciato tradizionale delle carte di Pietro del Massaio databili tra il 1456 e il 1472.
Leonardo raffigura, inoltre, in dettaglio tre grandi zone della valle dell'Arno nelle carte RL 12278 (preceduta da RL 12682), RL 12683 (in parte preceduta dal foglio 305r del Codice Atlantico e approfondita nei fogli 52v-53r del Codice di Madrid II) e RL 12685 (che coincide in parte con i fogli 22v-23r del Codice di Madrid II e con la RL 12279). Il fiume Arno nasce nel comune di Stia in Casentino, sul versante meridionale del Monte Falterona, sull'Appennino tosco-romagnolo, dal Capo d'Arno (detto il Lago degli Idoli per il ritrovamento di bronzi etruschi votivi) a quota 1.385 m sul livello del mare.
Con un corso di 241 km, attraversa, o delimita, il territorio di 48 comuni nelle 4 province di Arezzo (Arezzo, Bibbiena, Capolona, Castel Focognano, Castel San Niccolò, Chiusi della Verna, Civitella Val di Chiana, Laterina, Montevarchi, Ortignano Raggiolo, Pergine Valdarno, Poppi, Pratovecchio, San Giovanni Valdarno, Stia, Subbiano, Terranuova Bracciolini), Firenze (Bagno a Ripoli, Capraia e Limite, Cerreto Guidi, Empoli, Fiesole, Figline Valdarno, Firenze, Fucecchio, Incisa Val d'Arno, Lastra a Signa, Londa, Montelupo Fiorentino, Pelago, Pontassieve, Reggello, Rignano sull'Arno, Scandicci, Signa, Vinci), Prato (Carmignano) e Pisa (Calcinaia, Cascina, Castelfranco Di Sotto, Montopoli Val d'Arno, Pisa, Pontedera, San Giuliano Terme, San Miniato, Santa Croce sull'Arno, Santa Maria a Monte, Vicopisano). Il suo bacino idrografico comprende 166 comuni (160 toscani)
Badia
Leonardo indica con "La Badiola", la Badia in comune di Collesalvetti.
Badia Sansavino
Con "San Savino", Leonardo indica Badia Sansavino in comune di Cascina. La stessa indicazione ricorre nel foglio 53 r del Codice di Madrid II e nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Calci
Leonardo segnala più volte col nome "Calci" la località da identificare con il celebre castello fortificato medievale e la Certosa, fondata nella prima metà del XIV secolo; con il toponimo "Val di Calci", citato nel Codice di Madrid II (22v, 53r), nel Codice Atlantico (f. 305r) e nelle carte di Windsor RL 12683 e RL 12277, si riferisce, invece, al fiume e alla strada che attraversano la valle oggi nota come Val Graziosa. Nel fondovalle, in un crocevia strategico, sorge quello che per Leonardo era un punto di riferimento nel calcolo delle distanze (RL 12279): Caprona con la torre difensiva, indicata anche nel Codice di Madrid II (ff. 1v, 22v, 53r).
Casciana
Leonardo raffigura e indica la località di Casciana in comune di Lari.
Casciana Terme
Leonardo raffigura e indica "Casciana", l'attuale Casciana Terme.
Cascina
Con Cascina, Leonardo raffigura e indica la cinta muraria trecentesca della città, punto di riferimento per gli studi e i progetti di deviazione dell'Arno a monte di Pisa. La segnala infatti anche nel foglio 305r del Codice Atlantico ("Casscina") e in diversi fogli del Codice di Madrid II (1r, 2r, 7v, 16r, 22v, 53r). Significativa in particolare la nota nel foglio 7v di quest'ultimo codice, con la precisazione "Qui è la veduta": da Cascina Leonardo studiava e disegnava i Monti Pisani con la Verruca e le fortificazioni pedemontane al di là dell'Arno.
Collemontanino
Leonardo raffigura e indica la località di "Colle Montanino" nel comune di Casciana Terme.
Collesalvetti
Leonardo disegna il castello di "Colle Salvecti" sul rilievo attorniato da canali e strade come Via di Maremma e Via di Livorno. Indica inoltre la stessa località nel foglio 305r del Codice Atlantico.
Colognole
Leonaro raffigura e indica la località di "Colognole", attualmente in comune di Collesalvetti.
Foce
Con "Foce", Leonardo indica, nella carta RL 12683 di Windsor, la torre alla foce dell'Arno (oggi Bocca d'Arno, presso Marina di Pisa). Nei fogli 3r e 52v del Codice di Madrid II segnala la stessa località come "Torre di Foce". E ancora "Foce" nel foglio 1v dello stesso Codice di Madrid e nel foglio 305r del Codice Atlantico. Il basamento di questa torre è ancora esistente, ma incorporata in un edificio di età posteriore in località Torretta.
Fossa Nuova e Fossa Reale
Leonardo studia i canali nella piana a sud di Pisa e tra Ponsacco e Colle Salvetti indica con "Fossona" o "Fossana" quella che sarà la Fossa Nuova o Fossa Reale.
Fosso Reale Zannone
Con "El Zannone" (Alzamone nella lettura tradizionale del Baratta), Leonardo indica il Fosso Reale Zannone. Situato poco a nord di Vicarello, attraversa i comuni di Cascina, Crespina, Lari e Collesalvetti. Al tempo di Leonardo era un rio che nasceva dal colle di Lucagnano presso Lari e sfociava nei fossi doppi nei pressi dello Stagno; Leonardo lo descrive più dettagliatamene nel Codice di Madrid II, ff. 52v-53r, come "Sannone". Aveva come affluenti il Crespina e l'Orcina.
Guardistallo
Castello di origine longobarda e feudo dei della Gherardesca, di notevole importanza strategica per il dominio pisano in Val di Cecina.
Montevaso
Con "Monte Vaso", tra "Mecocla" e Terricciola, Leonardo indica il rilievo che Repetti descrive ampiamente per la sua importanza storica e geologica, "fra la Val di Fine e la Vallecola della Sterza di Lajatico".
Parlascio
Leonardo raffigura e indica due volte con "Parlasco" la località di Parlascio in comune di Casciana Terme. Il toponimo ancora oggi compare due volte in posizione molto ravvicinata sulle carte dell'IGM, confermando l'esistenza di un più antico insediamento etrusco e di una rocca medievale.
Pisa
Leonardo raffigura e indica più volte la città di Pisa come uno dei centri più significativi della sua Toscana, sia per ragioni biografiche (già suo padre ser Piero vi lavorava come notaio) che di formazione artistica. Non è, inoltre, da trascurare il ruolo che la città ebbe da un punto di vista strategico e progettuale. E' infatti per il progetto della deviazione dell'Arno che Pisa ricorre nelle carte di Windsor RL 12683 e RL 12277, nel Codice di Madrid II (ff. 1v e 52r), e nel Codice Atlantico (ff. 127r e 305r). Leonardo la menziona, inoltre, per il duomo e il campanile in un foglio asportato dal Ms. B (Ash. 2037, f. 5v, del primo periodo milanese, c. 1487). E ancora, verso il 1515, cerca una carta del "pian di Pisa" (Codice Atlantico, f. 225 r del ). In carte come RL 12685 e RL 12279 la posizione della città è indicata con un cerchio, ma senza toponimo, in quanto ben riconoscibile per Leonardo dopo l'ansa di Riglione. A Pisa lavorò e morì (1553) il nipote di Leonardo, Pier Francesco Da Vinci, detto Pierino, autore della "Dovizia" in Piazza dell'Abbondanza (oggi Piazza Cairoli) e del bassorilievo di "Cosimo de' Medici che scaccia i vizi da Pisa", conservato nei Musei Vaticani.
Ripafratta
Librafatta è un punto di riferimento a occidente nel progetto di Leonardo per la deviazione dell'Arno. Egli raffigura l'attuale Ripafratta, in comune di San Giuliano Terme, nella carta RL 12685 di Windsor, e la menziona nel Codice Atlantico (f. 305r), nel Codice di Madrid II (f. 52v) e in RL 12683. Questo castello era fondamentale per il controllo della valle del Serchio e aveva notevole importanza strategica anche in rapporto alla Verruca.
San Benedetto a Settimo
Con "Settimo", Leonardo indica il 7° miglio da Pisa e precisamente San Benedetto a Settimo, in comune di Cascina, nella carta RL 12683 di Windsor e nel foglio 305r del Codice Atlantico. Nelle trascrizioni vinciane tradizionali Settimo era unito a San Savino, pur trattandosi di due località distinte.
San Jacopo
Leonardo raffigura e indica la chiesa di San Jacopo, in comune di San Giuliano Terme, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel Codice di Madrid II (f. 52v) e nel Codice Atlantico (f. 305r).
San Piero a Grado
Con "San Piero in Grado", Leonardo indica la basilica romanica di San Piero a Grado (in comune di Pisa), luogo di culto paleocristiano, affrescato dal pittore lucchese Deodato Orlandi. Leonardo la segnala anche nel foglio 52v del Codice di Madrid II. Si trovava in una posizione strategica per il controllo dell'Arno, come dimostrò la scelta dei fiorentini di erigere in questo luogo un "campo trincerato" durante gli assedi di Pisa.
San Regolo
Leonardo raffigura e indica la località di San Regolo in comune di Fauglia.
Statale 206
Con "Via di Maremma", Leonardo indica l'attuale Strada Statale 206, che collegava Pisa a Collesalvetti.
Tremoleto
Leonardo disegna e indica Tremoleto in località di Lorenzana.
Uliveto Terme (Bagno)
Leonardo si interessa ai centri termali che spesso indica con "Bagno". Con questo toponimo in RL 12683 di Windsor intende probabilmente segnalare Uliveto Terme, mentre nel Codice di Madrid II (f. 52v) si riferisce presumibilmente a San Giuliano Terme. In RL 12685 e nel Codice di Madrid (f. 23r) lo stesso termine è, invece, utilizzato per indicare Montecatini Terme.
Verruca (Fortezza e Monte)
Leonardo indica con "Verruchola" (o "Verrucha") la strategica fortezza e il Monte della Verruca in comune di Calci. Lo disegna nel Codice di Madrid II e nella carta di Windsor RL 12683; e lo menziona nel Codice Atlantico. Il luogo è forse evocato in forma idealizzata anche in un disegno di "Diluvio apocalittico" databile attorno al 1516 (Windsor, RL 12385). Nel giugno del 1503 Leonardo si recò a ispezionare la fortezza, ormai riconquistata dalla Repubblica Fiorentina, per progettarne il ripristino.
Vicopisano
Leonardo indica Vicopisano ("Vico") nella carta RL 12279 di Windsor, nel Codice di Madrid II (ff. 2r, 22v, 53r), nel Codice Atlantico (f. 305r) e lo raffigura, senza precisare il toponimo, nella carta RL 12683. Egli evidenzia in sintesi stenografica le fortificazioni di Vicopisano con la grande torre attribuita a Filippo Brunelleschi. Notevole era la posizione strategica di questo castello, in antico molto più vicino all'Arno, nelle guerre tra Firenze, Pisa e Lucca.