Arno
Leonardo delinea l'intero corso dell'Arno in due carte: RL 12277 di Windsor, con l'indicazione e la denominazione dei principali affluenti; e Codice Atlantico, f. 910r, senza denominazioni idrografiche e con solo 12 toponimi del Casentino.
Si tratta di cartografie notevoli per l'esattezza e per il segno estetico: in esse Leonardo rielabora il tracciato tradizionale delle carte di Pietro del Massaio databili tra il 1456 e il 1472.
Leonardo raffigura, inoltre, in dettaglio tre grandi zone della valle dell'Arno nelle carte RL 12278 (preceduta da RL 12682), RL 12683 (in parte preceduta dal foglio 305r del Codice Atlantico e approfondita nei fogli 52v-53r del Codice di Madrid II) e RL 12685 (che coincide in parte con i fogli 22v-23r del Codice di Madrid II e con la RL 12279). Il fiume Arno nasce nel comune di Stia in Casentino, sul versante meridionale del Monte Falterona, sull'Appennino tosco-romagnolo, dal Capo d'Arno (detto il Lago degli Idoli per il ritrovamento di bronzi etruschi votivi) a quota 1.385 m sul livello del mare.
Con un corso di 241 km, attraversa, o delimita, il territorio di 48 comuni nelle 4 province di Arezzo (Arezzo, Bibbiena, Capolona, Castel Focognano, Castel San Niccolò, Chiusi della Verna, Civitella Val di Chiana, Laterina, Montevarchi, Ortignano Raggiolo, Pergine Valdarno, Poppi, Pratovecchio, San Giovanni Valdarno, Stia, Subbiano, Terranuova Bracciolini), Firenze (Bagno a Ripoli, Capraia e Limite, Cerreto Guidi, Empoli, Fiesole, Figline Valdarno, Firenze, Fucecchio, Incisa Val d'Arno, Lastra a Signa, Londa, Montelupo Fiorentino, Pelago, Pontassieve, Reggello, Rignano sull'Arno, Scandicci, Signa, Vinci), Prato (Carmignano) e Pisa (Calcinaia, Cascina, Castelfranco Di Sotto, Montopoli Val d'Arno, Pisa, Pontedera, San Giuliano Terme, San Miniato, Santa Croce sull'Arno, Santa Maria a Monte, Vicopisano). Il suo bacino idrografico comprende 166 comuni (160 toscani)
Marti
Leonardo raffigura e indica il castello di Marti, in comune di Montopoli in Val d'Arno.
Montopoli
Con "Monte Topoli", Leonardo indica il castello di Montopoli, a lungo sede del vicariato del Valdarno, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona nel Codice di Madrid II (ff. 2r, 3r).
San Romano
Leonardo raffigura e indica il castello di San Romano, in comune di Montopoli in Val d'Arno, nella carta RL 12683 di Windsor e lo menziona anche nel Codice di Madrid II (f. 16r, come "Torre a San Romano" e f. 22v).
Santa Croce
Sulla riva destra dell'Arno, Leonardo raffigura il castello di Santa Croce sull'Arno senza indicarne il toponimo: segna così l'inizio del territorio pisano oggetto delle sue perlustrazioni. Santa Croce si ritrova anche in altri fogli di Leonardo: nel Codice di Madrid II (ff. 2r, 3r, 22v-23r) e nella carta RL 12279 di Windsor.