Delle vicende di Montegufoni non si hanno notizie fino alla fine del Duecento con l’acquisto da parte degli Acciaioli, famiglia originaria di Bergamo giunta a Firenze all’inizio del secolo XII. Sul luogo dell’antica fortezza degli Alberti dovevano essere state riattate le strutture principali, comprese le difese castellane, dal momento che nel 1312 Montegufoni viene rivendicato dall’imperatore Enrico VII come castello appartenente all’Impero. Non si hanno più notizie del castello e del suo stato di conservazione fino al 1310, quando Montegufoni viene rammentato come il luogo in cui nacque Niccolò degli Acciaioli. Nel corso del Trecento le vicende di questo personaggio si legano alla storia dell’antico castello di Montegufoni. Niccolò, il più importante esponente della famiglia, acquistò prestigio presso la casata angioina ricoprendo la carica di Gran Siniscalco del Regno di Napoli. Aveva, fra le altre, la tutela dei Principi di Taranto tanto che, sembra, in occasione delle vicende belliche che opposero nel 1345 il Regno di Ungheria a quello di Napoli, Montegufoni divenne il luogo in cui fu protetto il principe Ludovico di Taranto. Al tempo Niccolò aveva appena messo mano al progetto della monumentale Certosa di San Lorenzo (Galluzzo) mentre in quegli anni stessi la residenza di Montegufoni doveva avere l’aspetto di un semplice borgo cinto da mura. Sul luogo dell’antico castello dei conti Alberti erano stati realizzati in tempi diversi, ma probabilmente fra la fine del Duecento e i primi del Trecento, gli edifici che componevano la residenza di campagna degli Acciaioli. I diversi corpi di fabbrica si affacciavano su una corte centrale, ed erano probabilmente circondati da una cortina muraria. Sulla piazza si trovava anche la chiesa dedicata a San Lorenzo che al tempo di Niccolò Acciaioli fu abbellita dal crocifisso ligneo realizzato da Taddeo Gaddi, allievo di Giotto. Montegufoni, sullo scorcio del Trecento, era un borgo chiuso da mura o comunque composto da edifici ben stretti l’uno all’altro che conferivano al luogo l’aspetto di un piccolo fortilizio di campagna. Durante la seconda metà del Trecento, quando venne costruita la torre, risiedeva di frequente a Montegufoni Donato del fu Iacopo Acciaioli, nipote di Niccolò, come attestano le numerose missive che egli spediva da questa località. Nel 1372 venne denunciato addirittura un tentativo di omicidio subito dallo stesso Donato Acciaioli mentre usciva dalla chiesa per rientrare nella sua abitazione nel cassero di Montegufoni (intrans abitationem dicti casseri de Montegufoni, dum ab ecclesia rediret).