Musei fiorentini con opere della cerchia leonardesca

Altre opere di bottega e scuola leonardesca si trovano nella Galleria Palatina di Pitti, nel Museo Horne e in Palazzo Vecchio (dove illustrano la problematica attuale delle ricerche della grande pittura murale della Battaglia di Anghiari). Fra queste si possono includere i bozzetti del Rustici ispirati ai guerrieri della Battaglia leonardesca. Non è da escludere, del resto, che anche nel gruppo bronzeo raffigurante la Predica del Battista sopra la porta a nord del Battistero di San Giovanni, indubbiamente il capolavoro del Rustici, sia da ipotizzare l'intervento di Leonardo stesso.
Nel Museo del Bigallo si trovano notevoli opere di botteghe fiorentine eseguite nell'ambito della cerchia leonardesca, di cui fecero parte anche allievi di Verrocchio e Lorenzo di Credi: dall'Alunno di Benozzo a Ridolfo del Ghirlandaio, dal Maestro della Maddalena Johnson ad Agnolo di Polo.
In altri musei, palazzi e chiese fiorentine si segnalano opere fondamentali per ricostruire il contesto artistico e culturale dell'epoca di Leonardo. In alcuni casi si tratta di lavori riferibili al periodo giovanile del maestro, quando ancora collaborava col Verrocchio. Nel Museo Nazionale del Bargello, ad esempio, sono esposti (nella "Sala del Verrocchio e della scultura del secondo Quattrocento") il David, la Dama del Mazzolino e la Resurrezione di Cristo, opere del Verrocchio nelle quali è stata da alcuni ravvisata una partecipazione o una iconografia leonardesca. Vi si trovano inoltre capolavori di Donatello, Michelangelo, Sansovino, Benedetto da Maiano, Mino da Fiesole, Pollaiolo, Desiderio da Settignano, Luca e Andrea Della Robbia.
Altre sculture del Verrocchio si trovano in Orsanmichele (L'incredulità di San Tommaso) e nella Sagrestia Vecchia di San Lorenzo, dove egli realizzò la tomba medicea di Piero il Gottoso e del fratello Giovanni, con la decorazione in bronzo che sembra anticipare il leggio dell'Annunciazione degli Uffizi.
Opere di arte applicata con riferimenti documentari o iconografici a Leonardo sono conservate nel Museo degli Argenti (nel 1502 egli era stato l'esperto di riferimento per Francesco Gonzaga a proposito di alcuni vasi di pietre dure e uno di agata provenienti dalla collezione di Lorenzo de' Medici) e nel Museo Stibbert (armature con figurazioni di nodi e di cavalieri che ricordano gli studi leonardiani di monumenti equestri).