Nella zona d’Oltrarno gli Agostiniani, nel XIII secolo, avevano costruito un convento, che divenne ben presto un importante centro artistico, teologico e culturale. Nel 1397 il Comune decise di erigere una nuova chiesa, ma fu solo nel 1444 che Brunelleschi iniziò i lavori del suo ultimo capolavoro, la Basilica di Santo Spirito, come parte principale di un complesso più esteso. Il piccolo gioiello della sagrestia venne edificata da Giuliano da Sangallo nel 1489 e fu portata a compimento da Simone del Pollaiolo nel 1492. Nella chiesa, menzionata da Leonardo nel Codice Atlantico intorno al 1505, sono ancora oggi visibili diverse opere realizzate da artisti coevi di Leonardo o a lui vicini, quali Filippino Lippi, Cosimo Rosselli, Francesco Botticini, Francesco Granacci, Ridolfo Ghirlandaio e Sansovino. All’interno della sagrestia è conservato un crocifisso ligneo giovanile di Michelangelo.
Molto ricercata era la biblioteca, frequentata da intellettuali e artisti: nel 1450, conservava ben 577 manoscritti. Giovanni Boccaccio vi lasciò in eredità la propria biblioteca personale.