Basilica di Santa Croce

Con Leonardo, venne a Firenze, nel 1500, anche Luca Pacioli, che fu accolto nel convento francescano di Santa Croce.
Come attestato nel Codice Atlantico, il reggente di Santa Croce, Maestro Giovanni, scrisse a Leonardo il 17 aprile 1503 a proposito di Sant’Ignazio di Antiochia e della Vergine Maria. Leonardo gli fece rispondere da un collaboratore in merito a una commissione già discussa con Maestro Zaccaria, affermando: "tra noi non ha a correre denari". Si tratta di un episodio finora enigmatico, in attesa di nuovi elementi. Fa riferimento a questioni teologiche e a un lavoro che non avrebbe previsto compensi in denaro.
Questo complesso architettonico conserva una serie incomparabile di capolavori ammirati da Leonardo, come il ciclo di affreschi di Giotto e il Crocifisso di Cimabue nel refettorio, o da lui presi a modello, come la Cappella Pazzi del Brunelleschi nel primo chiostro.